alexandr_palkin (alexandr_palkin) wrote,
alexandr_palkin
alexandr_palkin

Categories:

Кризис идентичности

Оригинал взят у  alev_biz в Кризис идентичности


Очередное разоблачение в области биомедицинских исследований: в журнале PLoS ONE вышла статья, автор которой подсчитал количество публикаций, сделанных на неверно идентифицированных клеточных линиях.

Кризис идентичности

Другими словами, авторы этих работ думали, что работают с одной клеточной линией, а на самом деле это были совсем другие клетки с другими свойствами. По самой мягкой оценке, больше 30 тысяч статей содержат сомнительные результаты, и это, по всей видимости, одна из причин тотальной невоспроизводимости данных в современной науке. В реальности таких статей гораздо больше.



Клеточная линия — это отдельная ткань или даже орган «в миниатюре». Это культура клеток определенного типа (например, клетки соединительной или нервной ткани), которую можно выращивать отдельно от организма в чашке Петри и на ней изучать свойства данной ткани — экспрессию генов, взаимную регуляцию белков, тестировать на ней лекарственные препараты и так далее.



Особой популярностью в лабораториях пользуются так называемые иммортализованные клеточные линии — чаще всего это клетки, полученные из опухолей, которые, в отличие от «нормальных» клеток, могут делиться бесконечное количество раз. Именно таким свойством обладает старейшая и самая известная клеточная линия HeLa, полученная от пациентки по имени Генриетта Лакс с раком шейки матки. Здесь и начинаются проблемы: если в одной лаборатории работают и с нормальными клетками, и с раковыми, последние охотно загрязняют чистые культуры просто за счет того, что быстрее растут и обладают повышенной выживаемостью. К примеру, генотипирование новых клеточных линий, опубликованных китайскими учеными, показало, что в 85 процентах случаев это на самом деле HeLa.

Еще в 1968 году в Nature впервые вышла заметка о том, что многие культуры клеток человека содержат примесь клеток HeLa. Таким образом, вопрос «идентичности» клеточных линий отнюдь не новый. Однако путаница случается не только в результате загрязнения: исследователи, которые создали клеточную линию, могли просто ошибиться при выделении клеток и неверно их охарактеризовать.

Последствия работы не с теми клетками, конечно, не всегда очевидны: многие исследователи изучают базовые биохимические процессы, и им, в общем-то, без разницы, с какой линией работать. Неверная ссылка в статье в крайнем случае может привести к тому, что в другой лаборатории эти данные не воспроизведутся. Однако для исследователей, которые думают, что изучают ткань тимуса — органа иммунитета, а на самом деле работают с клетками рака печени, как это было в случае с клеточными линиями P1-1A3 и P1-4D6, путаница приводит к более серьезным последствиям. В приведенном примере в 69 статьях авторы использовали эти клеточные линии «не по назначению», а затем более двух тысяч статей процитировали эти работы.

Масштаб проблемы привел к созданию международного комитета по аутентификации клеточных линий (ICLAC- International Cell Line Authentication Committee). Члены этого комитета проверяют популярные клеточные линии и в случае обнаружения несоответствия заносят их в «черный список». Последнее обновление этого списка в 2016 году содержит 488 наименований (если вдруг вы клеточный биолог, на всякий случай загляните в него).

Для всех линий, перечисленных в последнем обновлении списка ICLAC, авторы обсуждаемой статьи в PLOS One постарались найти исходную работу, в которой было описано получение конкретной клеточной линии, а затем подсчитали количество упоминаний этой работы в последующих статьях. Параллельно ученые подсчитали количество упоминаний этой линии в базе данных Web of Science. К августу 2017 года было обнаружено 32755 статей, в которых авторы «выдавали» желаемое за действительное и работали не с той клеточной линией. На эти работы было почти полмиллиона ссылок.

Авторы публикации в PLOS One учли в своих расчетах только известные случаи неверной идентификации клеточных линий, но в реальности таких случаев гораздо больше. К примеру, ученые нередко делятся друг с другом культурами без всяких материальных подтверждений того, что эта та самая клеточная линия. Конечно, есть способы проверить подлинность образца — для генотипирования культур было разработано несколько простых способов, например профилирование по коротким повторяющимся последовательностям (STR — short tandem repeat profiling). Но недостаток средств, времени, информации, гонка за публикациями, да и просто лень человеческая приводят к тому, что ситуация из года в год не улучшается.


Автор: Дарья Спасская




Ссылка на источник


Tags: Медицина, Наука и техника
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 0 comments